四年来，孙承宗重用袁崇焕等一大批忠直的文武将吏人才，边防大备。“自承宗镇，关门息警，中朝宴然，不复以边事为虑矣。”不但扭转了原先的那颓败之势，且整个形势变得越来越好。正当他锐意恢复之际，却遭到了来自魏忠贤的打击。

孙承宗功权重，誉满朝野。魏忠贤为长久把持朝柄，一心想把孙承宗也拉到自己一边，故行过多次试探，但均遭到拒绝，由此怀恨在心。天启四年(1624)十一月，孙承宗西巡至蓟、昌，报请以十一月十四日朝贺万寿节，并面奏机宜。魏忠贤得知，恐其拥兵“清君侧”大惧“绕御床哭，上亦为心动”当即命内阁拟旨，以“无旨擅离信地，非祖宗法”为名，令其返关。孙承宗无奈，只好返回。事后，阉党利用这件事攻击孙承宗“拥兵向阙，叛

随着宁远城守的日渐巩固，明军防线不断延伸。天启五年(1625)夏，孙承宗遣将分据锦州、松山、杏山、石屯及大小凌河各城。这样，自宁远又向前推二百里，从而形成了以宁远为中心的宁锦防线。

首先大力整顿了关门防务。“是时，关上兵名七万，顾无纪律，冒饷多。承宗大阅，汰逃将数百人，遣还河南、真定疲兵万余。”“乃定兵制，立营房，五人一房，三千一营，十五营为三，而将帅以营为署。兵不离将，将不离帅，教肄分而稽便。”经过整顿，使“兵将一清”提了关门守军的战斗力。

宁远，位于辽西走廊中“内拱岩关，南临大海，居表里之间，屹为形胜”守住宁远，也就等于扼住了这条走廊的咽，能确保二百里外的山海关的安全。因此，孙承宗的决计守宁远，颇战略光。

孙承宗回到北京，即向熹宗明确阐述了其守宁远，以与觉华岛守军互为犄角、遥相呼应的战略计划，正式提了“以辽人守辽土，以辽土养辽人”的战略方针，并建议解除王在晋的兵尚书及辽东经略之职。熹宗接受了孙承宗的意见，将王在晋调任南京兵尚书。自此，八里铺筑城之议遂息。

同时是修筑宁远城。天启三年(1623)九月，孙承宗命祖大寿修复宁远，并令驻军尽速恢复山海关至宁远沿线被焚弃各城。召辽人回故居，垦荒屯田，重建家园。又发展采煤、煮盐、海运等事业，以充实民力，确保军需。宁远城竣工后，调袁崇焕镇守。孙承宗自己则坐守山海关，并备前屯，充当其后盾。在袁崇焕的心治理下，宁远“商旅辐辏，移骈集，远近望为乐土”成为一座可攻、退可守的军事重镇。

了各方意见，权衡利弊得失后，表示支持袁崇焕主守宁远的意见。

在关门防务上“并夹城之役，修筑关城，南防海，北防角山。则从望海台芝麻湾，三面环海，安大炮为横击。陆则三关之石城，可顿万人，开突门力夜击。北关外，有峻岭筑号台十一，置炮以防外瞰”经五个月的惨淡经营，稳定了关门局势，并为恢复辽西失地，固了基。

王在晋调走后，山海关的防务采取并贯彻了孙承宗与袁崇焕主守关外的战略。此后，经数年艰辛的努力，布置成一固的宁(远)锦(州)防线，成为后金骑兵不可逾越的障碍。从努尔哈赤到皇太极，始终都没能完全打破这防线。在屡次碰之后，迫使他们望宁远而却步。这防线不仅确保了山海关免受攻击，而且在此后的二十余年间，基本上稳定了辽西走廊的战局。

天启二年八月，孙承宗被任命为辽东经略。他即着手实施其保关门，必先固辽西；复辽东，亦必先固辽西的战略计划，积极署宁锦防线。