逆显然”但熹宗没予理会。

天启五年(1625)八月，柳河之败，导致了孙承宗的去职。山海关总兵马世龙，误信自后金逃归的“降虏生员”刘伯漒的话，派兵渡柳河，袭取耀州，中伏遭败。阉党借机小题大作，围攻马世龙，并参劾孙承宗。孙承宗气极，连上二疏，自请罢官。九月，返乡。

孙承宗辞职以后，兵部尚书高第出任辽东经略。高第为一文人，既不懂军事，也没打过仗。他一到任上，即一反孙承宗的部署，下令拆撤宁锦防线。关外驻防将士除镇守宁远的袁崇焕拒不从命外，其他诸城均撤一空。因而使孙承宗数年心血毁于一旦，明朝在山海关及其关外的军事形势顷刻陷入一场新的危机。只是由于以袁崇焕为首的广大将士的浴血奋战，才使明军在天启六年正月、天启七年五月相继取得“宁远大捷”和“宁锦大捷”奇迹般地挡住了后金的凶猛进攻，从而不仅使宁锦防线经受住战争的考验，且使明朝避免了由于高第的错误军事决策而导致的军事大溃败。

崇祯二年(1629)，皇太极率军避开宁锦，假道内蒙，从喜峰口突入塞内，相继攻陷遵化、迂安、滦州、永平，直指北京。且行反间计，使崇祯帝囚系并最终杀害了袁崇焕。此事所谓“己巳虏变”一时，明廷乱作一团。而袁崇焕的下狱，又导致军心涣散，将士东归。在此危难之际，明廷再次起用孙承宗“诏以原官兼兵部尚书守通州”统筹全局。孙承宗首先晓以大义，安定了军心。其后协调各路军队，联合行动，经数月艰苦作战，取得“遵永大捷”并于崇祯三年(1630)五月将后金军驱逐出关。

孙承宗再任辽东经略后，仍坚持以积极防御为主的方针，继续加强宁锦防线，决心重筑被高第毁弃的大凌河、右屯二城。崇祯四年(1631)七月，令祖大寿等率兵四千守大凌河，又征发一万四千人筑城。八月六日，动工筑城才二十天左右，大凌河城墙刚刚修完，雉堞仅修完一半，后金突然兵归城下，并于当天开始围城，明军仓促闭门拒战。“承宗闻，驰赴锦州，遣吴襄、宗伟往救”但宁远巡抚邱禾嘉“屡易师期，伟与襄又不相能，遂大败于长山”至十月，大凌河已被围三月，守军粮尽援绝，祖大寿假降奔还锦州“城复被毁”大凌河失守，引起了明廷内部的互相倾轧“延臣追咎筑城非策，文章论禾嘉及承宗”孙承宗连疏引疾，求退。崇祯帝为平息朝议，准其归籍，孙承宗第二次被排挤下台。