服,他从来没有以私人的身份去拜谒过史弥远。因此三年之中,他只能按正常的秩序提升,从来没有居于重要的地位。魏了翁到靖州后,湖、湘、江、浙的儒生,都不远千里背负书箱来从他学习。他撰写了《九经要义》一百卷,该书考订精密,为过去儒学所没有。
理宗绍定四年(1231),魏了翁恢复了官职,主管武夷山的冲佑观。绍定五年(1232),又改提举江州太平兴国宫,不久又知遂宁府,他辞谢不拜受。后升任宝章阁待制、潼川路安抚使、知泸州。泸州是一个大藩屏,控制边境的面积达两千里,而武备都不修,城廓废弛。魏了翁乃奏请修缮泸州的城楼垣墙和雉堞,并增置军械,训练盾牌手,申明军纪,兴办学校,蠲免欠税,恢复社仓,修建义冢,修办养济院。只有几个月,百废就俱兴。时值史弥远逝世,皇帝亲自主管朝政,魏了翁被提升为华文阁待制,赏赐了金带,仍留居原任。
魏了翁考虑到国家权臣相继出现,他们在朝内把持国柄,朝外改变风俗,使国家的纲常沦丧,法度废弛,贪污邪恶者在位,举办任何事情都弊蠹丛生,简直不能够清除。于是,他便就应诏上疏,论述十大弊端,请求恢复旧日的典章制度,以昭明新的教化:其一是恢复三省的制度以加强六部的地位;其二是恢复二府的制度以聚集众多的建议;其三是恢复都堂的制度以加强省府的权力;其四是恢复侍从的制度以经常听到忠告;其五是恢复经筵的制度以广大皇帝的学识;其六是恢复台谏的制度以昭示官员罢黜和提升的公平;其七是恢复制诰的制度以严肃皇帝的命令;其八是恢复听言的制度以通达下面的民情;其九是恢复三衙的制度以加强皇帝的威严;其十是恢复制阃的制度以避免任用将领唯凭私人的意志。他这篇奏疏罗列万言,先引典故事实,次陈当代的时弊,分别说明其好坏利害,粲然黑白分明。皇上读了后很受感动,就在经筵上捧起高声朗诵。从此以后,旧的典章制度都逐渐恢复。
众大臣在奏章里多数都请求召还魏了翁和真德秀两人,皇帝也因他们两人素有民望,因此下令召还他们。当时用魏了翁暂时代理礼部尚书兼直学士院。魏了翁入朝奏对,他首先请求明君子和小人的区别,以作为进退人才的根本和杜绝奸邪小人窥伺权柄的道路。其次论述了过去宰相的十种失误,认为现今犹存,以及修身、齐家,选择宗室贤能,建立内廷小学等事,都是切合皇帝本身实际情况的。他其他的奏议,如宋蒙和议的不可信,金军必不可保,宋军的实力和财用不可恃等,一共有十几项。他又口头陈述了当前的利害,一直到昼漏下四十刻才拜退。他被任命兼同修国史兼侍读,不久又兼吏部尚书。他每次在经筵帏幕进讲,皇上都和颜悦色地用心听,并向他询问一些政事,访问国内的人才。他又再一次疏列十件事情以呈献,都是他劳苦用心挖空脑袋想出来的。每件事情他都直接陈述,说人家所不敢说。皇上对他所奏的事,也都嘉许采纳,并且亲自手写诏书加以奖励晓谕。魏了翁后来又上疏请求收回和保全史弥远家里的御笔;请求让赵汝愚配享宁宗庙;请求敦促崔与之参预朝政;请求确定田亩税以宽松民力;请求下诏让随从的大臣集体讨论以挽救楮币的弊端;请求网罗将才以应国家的缓急。又因此陈述了过去的几个成例:如储备人才,凝聚国论;如努力图谋自治的办法;如皇帝下诏罪己;如分别襄、黄二帅的是非;如探究发现黄陂叛卒的利害;如分任各将帅区别,处理降附的人员等。
魏了翁回朝六个月,前后二十多次上奏,都是有关当时的急务。皇帝将引用他共同主管政事,可是妒忌他的人却相与合谋共同排挤他,这样魏了翁就不能在朝中安身了。当时的执政故意说皇帝身边的近臣只有魏了翁最懂得军事和最体察国情,因此魏了翁被委任为端明殿学士、同佥书枢密院事,去督视京湖的军事。这时恰逢江、淮的督府曾从龙以忧愁和恐惧,得病逝世,遂把江淮也一并托付给魏了翁。但这样一来,朝廷的舆论却因而大骇,群臣都认为这样做不可,三学士也都上书争辩。这时边防警报纷至沓来,皇帝心里非常焦急,魏了翁为了避开事情的嫌疑,曾五次上疏辞职都没有被批准,反而被授予开府让其自辟幕僚,以及宣押同二府一样奏事的权力,皇上对他的关怀鼓励慰劳尤其是无微不至。不久,魏了翁又兼提举编修《武经要略》,恩宠和礼遇同宰相、枢密使等执政一样,又进封为临邛郡开国侯,并赐便宜诏书,像张浚过去的故事。当魏了翁向朝廷告别的时候,皇帝还当面赐给他御笔亲写的唐人严武的诗及“鹤山书院”四个大字,又赏赐了金带、鞍马,同时命令宰相为他于关外饯行。魏了翁离开朝廷后,选择了长江下流的中间,在江州开设了幕府,他申明军纪,儆戒将帅,调遣援兵,褒奖忠勇死难的官员,废黜退缩怯懦的将领,并上奏边防十件事。刚满二十天,他就被召为佥书枢密院事,赶赴朝中奏事,当时他以病竭力推辞,不肯拜受。魏了翁的忽去忽回,是由于朝中的一些人,开始时策划利用他督视京湖军马的机会使他离开朝廷,等到他离开朝政以后,又以他在江、淮建立督府的事为非,对他进行攻击,虽然当时在表面上对魏了翁好像恩宠有加,可是他在督府奏的事情,却动不动受到他们的牵制,而且最后又突然召他回来,这些前后所发生的事情,却都不是出于皇帝的本意。
不久,魏了翁被改任为资政殿学士,湖南安抚使、知潭州,他又再一次的力辞,诏命让他提举临安府洞霄宫。没有多久,他被改知绍兴府、浙东安抚使。理宗嘉熙元年(1237),他又改知福州、福建安抚使。他屡次上疏,请求退职,诏令都不允许。后来他生命垂危,再一次上疏。他的学生来探望他的病情,魏了翁仍衣冠整齐地和他们互相问答,并且说:“我平生安排自己,澹然无所经营。”当他谈到蜀兵的乱事,额头还皱了许久,最后他口授了遗奏,不一会儿才拱手而逝。十天后,诏命方到,令他以资政殿大学士、通奉大夫退休。