武侠写作，仍是报纸的主要支柱：后来倪匡说“《明报》不倒闭，全靠金庸的武侠小说。”

《神雕侠侣》是承接《射雕英雄传》的故事，其江湖世界也顺理成章地继承了上一部的设定；不过《射雕英雄传》的主角郭靖、黄蓉在这本书里已经年届中年退居二线，书中主要写的是前书中人物杨康之子杨过的成长，和他与小龙女感天动地的爱情故事。

《神雕》最大的主题是“情”强调个人的情爱的自由和个性的解放，因此我们可以发现“情”在金庸作品中的分量较之以前加大了许多。这部书以失恋之李莫愁、武三通开始，引出层层人物，而到杨过、小龙女二人。杨过是其父母爱情悲剧的产物，而小龙女之师祖林朝英与王重阳，亦终生因爱情而痛苦。到了杨过、小龙女，由于师徒相恋，不为世俗所容，乃至重重曲折后方成眷属。这个主题是《射雕》的主题的反写；强调的是一种个人的、自我的欲望，杨过最后放弃了“大侠”的功业而和爱人隐居，是遵从了小龙女的个性和愿望，比起《射雕》所坚持的“侠之大者，为国为民”《神雕》更突出一种属于女性和弱者的声音。

与此同时，《飞狐外传》也在《明报》的附属刊物《武侠与历史》上连载。这份杂志上兼顾武侠小说和历史小说，也连载过很多不错的作品，除金庸的《飞狐外传》外，还有他的中篇《鸳鸯刀》、古龙的中期转型代表作《绝代双骄》等。由于种种原因，它后来停刊了，颇为可惜。

同时写作两本武侠小说，是金庸最艰难的时期。这两本小说都与金庸早期作品有关，《神雕侠侣》是“后续”而《飞狐外传》则是“补完”在《飞狐外传》中，金庸借用他早期作品《雪山飞狐》的情节，将在那本小说中退居次位的胡斐形象补充得更丰满而完整，如果说郭靖是金庸笔下的“为国为民”的“侠”的理想的化身，胡斐则是金庸“锄强扶弱”的理想的化身。他可以为素不相识的一家三口打抱不平，不为所爱之人的求恳所动。

《神雕侠侣》告捷后，金庸开始写他的另一部小说《倚天屠龙记》。《射雕英雄传》、《神雕侠侣》和《倚天屠龙记》这三部小说按时间先后而下，有内容的延续性，因此后来被合称为“射雕三部曲”前一部书中的人物和他们的后代在后一部书出现，而推动后一部书中主人公命运的发展，使金庸的武侠世界变得更完整而丰富。

《倚天屠龙记》的最大突破，是其中对于“正邪”的融合与思考。武侠世界中从来正邪不两立，邪不压正是武侠的根本原则。然而，金庸试图从更加人性化和更加真实的层面上，来考察“正邪”的观念和现实的矛盾，人性中善与恶的矛盾。这种正邪的辩难在他从前的作品中已经出现过，譬如亦正亦邪的人物夏雪宜、黄药师等。但是，这些人都只是“个体”把它放到群体和社会的范围来考察，探讨正邪与人性的关系和转化，则是至《倚天》始大成。当时这样的小说，对于许多人来说，是一个巨大的冲击，杀人无数的金毛狮王竟与正派主角张无忌感情深厚，张无忌又当上了被认为是邪教的明教的教主，并与敌国的郡主赵敏发生恋爱，而正派的灭绝师太刚愎好杀，周芷若暗藏心机…金庸后来解释说：“在《倚天屠龙记》中，我要写的确是我对人生一种看法，想表达一个主题，说明这世界上所谓正的邪的，好的坏的，这些观念有时很难区分。…人生其实很复杂，命运跟遭遇千变万化，如果照一定的模式去描写的话，就太将人生简单化了。”

这种“正邪转化”的观念造成金庸笔下人物形象的丰富与复杂性，而在他写的所有人物形象中，也多以正邪参半的形象最有魅力——在《倚天屠龙记》里，殷素素、杨逍、赵敏这样的形象，远比正派的张翠山、张无忌父子令人喜爱而印象深刻。也许，这类在性格上不失真诚性情，有“正”的一面，而又不受世俗约束，有任性放纵的“邪”的一面的人物，其实恰恰是武侠小说中最典型最具代表性的形象。他们身上，既体现了武侠小说放纵性情，超凡脱俗的魅力，又体现了武侠小说对抗法治，滥杀无制的危险。这种“危险的放纵”是武侠带给我们的一个梦，也是武侠最常遇到的一个质疑；到底武侠能够将这个梦发挥到什么地步，又需要什么底线为限制，事实上，也是武侠小说至今仍然面临着的问题。

这部作品中的女主角赵敏和周芷若，金庸以为，都是心机太深而不讨人喜欢的。不过，这部作品中描写感情最美好的地方却是男子之间的情义。张三丰的武当派成为金庸笔下最富有温情和人性的门派，也为武侠小说世界里所少见。

而后来金庸修订的时候，仍然觉得自己当时的感受太过肤浅；经历了更多年的风风雨雨后，他感伤地道：“真实人生中不是这样的。因为那时我还不明白。”

从《神雕》到《倚天》，说这几部武侠小说为《明报》打稳了基础，应不为过。但是《明报》权威性的建立，却是依靠它的社评——之后，《明报》成为华文报纸中的著名大报，金庸和他的社评起着决定性的关键影响。

1962年，正是中国大陆三年自然灾害时期。当时中国民众面临建国以来最大的生存困难，在饥饿的逼迫下，大批大陆人，特别是广东一带，采取了偷渡香港以求生的方式。当时香港居民已经有三百多万，自然承受不住如此大批偷渡者带来的压力，为了缓和越发紧张的港内经济矛盾，香港当局用强硬手段将大陆移民押运回深圳，但是仍然无法阻拦移民持续大批涌入。这便是香港历史上的“逃亡潮”事件。

在事件早期，《明报》保持着平静和观望的态度。对于与政治关系密切的问题，金庸出于小心不希望介入。随后，事情越来越大，《明报》也开始以比较客观和淡漠的态度来做少量一般报道。但是，随着事态的发展，采写新闻的记者们深入底层看到移民的悲惨生活时，都异常激动，要求对移民给予更强烈的关注和帮助；金庸在深思熟虑后，做出了真实报道这桩事件一切真相，并争取为移民提供帮助的决定。《明报》在这场移民潮中，为移民募捐到大批救援物资，对移民给予了大量同情与援助。

但是在态度上，《明报》则站在港府一边，金庸认为，对于整个香港的实际利益来说，大批移民的涌入，无疑是一场灾难，假如不予解决，便会给港民带来极大灾祸，因此，他支持港府的遣返政策，并批评大陆政府对移民潮的纵容。这便与《大公报》的左派立场产生了分歧，《大公报》也多次发表文章批评金庸与《明报》。由于这场争论关系到香港市民的切身利益，《明报》的发行量直线上升，自移民潮和笔战《大公报》之后，发行量从一万几千份上升到四万份，报纸也由小报规模扩展为两大张。