任使节,当天驾一条小船上路。等到襄阳,督促派遣援军,又拿到萧懿的书信返回,萧衍对他十分赞赏。
齐东昏侯即位,司空徐孝嗣管理朝政,想让僧珍和他一块共事,僧珍知道齐朝不久就要败亡,终竟没有去。萧衍到雍州后,僧珍坚决要求西归,于是朝廷让他补了一个己阝县令。等到任后,萧衍任命他为中兵参军,把他当作心腹骨干。僧珍偷偷地蓄养为他效力卖命的人,投奔他的人很多。萧衍也招揽勇武之士,上下响应,聚集了万余人。然后命人勘察城西空地,计划盖几千间房屋作为驻扎之处。砍伐很多竹材,沉在檀溪里,积蓄的茅草堆得像小山,都没有派上用场。只有僧珍明白他的心意,于是私自准备了几百只船桨。等萧衍起兵时,把檀溪里的竹子都取了出来,打造成战船,上边用茅草覆盖,都很快办齐了。军队将要出发,众将士需要船桨很多,僧珍把他先前准备的拿出来,每船发给两只,争夺才算停息。
萧衍任僧珍为辅国将军、步兵校尉,出入他的卧室,传达他的意旨。大军驻在江宁,萧衍派僧珍和王茂率精兵先登赤鼻逻。那天,东昏侯大将李居士来战,僧珍等人大败了他,于是与王茂进军白板桥,筑起城垒后,王茂移军驻越城,僧珍守白板。李居士知道城内兵少,径直前来迫近城垒。僧珍对将士们说:“现在我们力量敌不过他们,不可交战,也不要远射。一定要等他们进到壕堑里面,再努力打败他们。”不久敌军都越过壕堑,僧珍分派人上城,自率马步军三百人出击敌人背后,内外一齐夹击,居士等人立时奔逃溃散。等到武帝受禅,任命他为冠军将军、前军司马,封平固县侯。又升任左卫将军,加散骑常侍,进入秘书省当班,总管皇宫警卫。
天监四年(505),梁朝大举北侵,从此僧珍白天到中书省值勤,晚上回秘书省。五年退兵,以他的本官职衔担任太子中庶子。
僧珍离家日久,上表请求回家祭扫坟墓,武帝想让他作家乡的长官以增其荣耀,于是委任他为南兖州刺史。僧珍在任上,与士大夫相见迎送注重礼节,对下属一视同仁,对亲戚不徇私情。兄弟们在外堂时,都不让入座,指着客座对他们说:“这是兖州刺史的座位,不是吕僧珍的座位。”等到了别的房内,便促膝而坐一如往常。他的一个堂兄弟原来以卖葱为业,僧珍到任后,就弃业要求在州里作官。僧珍说:“我蒙受国家重恩,没有什么可报效,你们各有自己的本分,怎能有非分要求。应该赶快回到葱铺里去。”僧珍旧宅在城北,门前有督邮官署,人们都劝他把督邮官署迁走来扩大自己的宅院。僧珍发怒说:“怎么能挪动朝廷官署来扩大我的私宅呢!”他的姐姐嫁给于氏,住在城西临街的小屋里,和做买卖的铺子杂处。僧珍经常由随从带路到姐姐家去,并不以此为耻。
在南兖州百日后,征召回京作领军将军,和先前一样在秘书省任职。经常用自己的车子运水洒宫内道路。僧珍立有大功,又是朝廷心腹骨干,但性情恭敬谨慎。在宫内值班,盛夏也不敢解衣。每当在御座前侍候,都是屏气躬身,对瓜果食物从未动过筷子。有一次因为喝醉后拿了一个柑子来吃,武帝笑着对他说:“你今天真是大有长进。”除正常的俸禄外,又每月给他十万钱,其余的赏赐经常不断。
当初,武帝起兵时,久攻郢州不下,众人都要北撤,只有僧珍不肯,过了好几天才顺从大家。一天夜里,他忽然头疼发烧,等到天明额骨更大了,恐怕是他的骨相异于常人。