元丰五年(1082),升任龙图阁直学士、知开封府。京城傍河的居民,谋取开凿汴河堤防以自行扩大地盘,有人请命培植修筑恢复原样,又审察百姓屋舍侵占官道的使退还。这二个计谋出自宦官,已有诏命了。王存说:“这是我的职责。”入朝上言此事。当天驰放筑堤的工役,京城人欢呼互相庆贺。王存进官枢密直学士,改任兵部尚书,转任户部尚书。神宗去世,哲宗即位,永裕陵财政费用,没有超过时间即宣告备办,宰相乘机又把王存移任兵部尚书。太仆寺请求内外马事得专线通达,不要隶属驾部。王存说“:这样,官制破坏了。先帝纠正省、台、寺、监的职权,使互相牵制,不可以曲从有关部门便利,而败坏已经形成的制度。”元。。初年,王存还任户部尚书,坚决辞谢不接受。元。。二年(1087),授任中大夫、尚书右丞。元。。三年,升任尚书左丞。
有人建议废除京畿内保甲,王存说:“现在京师兵员越来越削弱,又废除保甲不予教练,这不是国家根本长久之计。何况先帝不畏艰难而为之,既然已经就绪,无故而废除它,这不行。”门下侍郎韩 维被罢免,王存说:“除去一个正直的人,天下失望,忠臣丧气,谗言邪佞之人将争相进用了。”又论杜纯不应罢免侍御史,王觌不应罢免谏官的职务。
四方各地上奏审判定案大法,刑部援引旧例请求宽大,尚书省屡以无可宽恕拒绝。王存说“:这是祖宗的制度。官员想救他,但朝廷破例杀他,可以吗?”又说“:近来废除进士专经一科,杂试诗赋,有失先帝贬退词律、崇尚经术的心意。”黄河决口向北流已几十年,水官建议归回旧有的河道,王存争论说:“原有的河道已经增高,水性趋下,白白浪费财力,恐怕不会成功。”最终停止了这一工役。蔡确以写诗怨恨毁谤获罪,王存与范纯仁想减轻他的罪行,蔡确再贬新州,王存也被罢免,以端明殿学士的身份知蔡州。开始,王存移任兵部,是蔡确之力。到这时,因为蔡确而被罢免,士大夫称赞王存能不记前嫌。一年多后,加官资政殿学士、知扬州。扬州、润州相距一条河,用以前宰相的旧例,王存得以在逢年过节时访家上坟,拿出皇帝赐给的钱分给邻里,又备办酒食召见父老,亲自与他们互相敬酒,家乡人传为美谈。
召为吏部尚书。当时,在朝廷朋党之论渐烈,王存对哲宗说:“人臣各树党羽,互相倾轧,诚然不可助长,但如果不明察,那么滥及好人。庆历年中,有人指责韩琦、富弼、范仲淹、欧阳修为朋党,幸赖仁宗圣明,不为所迷惑。今天果真有进此说的,希望陛下明察。”
绍圣初,因年老请求辞官,提举崇禧观,迁右正议大夫致仕。按照旧制,应得太子少保、少傅,议者指责王存曾建议归还西夏侵地,所以减除他的恩典,不久降为通议大夫。王存曾经悲伤近世学士贵为公卿,但祭祀其先人,只遵循平民的礼制。等到告老回乡建筑居所,首先营造家庙。建中靖国元年(1101),王存去世,终年七十九岁。赠左银青光禄大夫。
王存性情宽厚,平素居处谦恭谨慎,不做欺诈过激的事,至于他所坚守的,则刚强不可以剥夺。司马光曾说“:一同在万马奔驰中能驻足的人,当数王存啊!”
孙固字和父,郑州管城人。从小立有志向,九岁读《论语》,说:“我能行此道。”徂徕石介一见到他,寄之以王公辅臣之望。及进士第,调任磁州司户参军。参予平定贝州,向文彦博进言胁从者不治罪的建议,与文彦博的意见相一致,所以只杀了首犯,其余的没有治罪。转任霍邑县令,升任秘书丞,为审刑详议官。宰相韩琦知道他的贤能,派使者来求见,孙固不肯前去。韩琦更加器重他,引用为编修中书诸房文字。