害,苏轼请求恢复原有的制度,朝廷同意了。没过一年,朝廷以兵部尚书的职务召苏轼入京,兼任侍读。
这一年,哲宗亲自到南郊祭祀,苏轼担任卤簿使,引导圣驾进入太庙。有十几辆打着红伞的牛车和十多辆打青盖的牛车抢争道路,不躲避皇帝的仪仗队。苏轼派御营巡检使询问他们,竟是皇后和大长公主。当时御史中丞李之纯任仪仗使,苏轼说:“中丞的责职应当是严肃政纪,不能不把这件事报告皇帝。”李之纯不敢说,苏轼在车中把这件事报告了皇帝。哲宗派使臣捧着书信骑马告诉太皇太后,第二天,下诏整肃皇宫仪卫,自皇后以下都不得迎接接见。不久苏轼升任礼部兼端明殿、翰林侍读两学士,任礼部尚书。高丽派使臣请求朝廷给他们一些书籍,朝廷沿用成例全部同意了他们的请求。苏轼说“:汉朝东平王请求朝廷赐给他诸子及《太史公书》,朝廷尚且不肯给予。现在高丽所要求的书籍,远远超过了汉东平王的请求,难道可以给他们吗?”朝廷没有接受他的意见。
元。。八年,宣仁太后去世,哲宗亲政。苏轼请求出外任地方官,以两学士的身份出知定州。当时国家大计方针即将发生变化,苏轼没能入宫向皇帝辞行。已经上路赴任时,苏轼上书说:“天下治乱,由于下情上达的道路是畅通还是堵塞所决定。天下大治时,普通百姓的意见都能自由通达朝廷;等到天下大乱时,即使是皇帝的近臣也不能将自己的意见进给皇帝。陛下即位已经九年了,除了执政大臣、台谏官外,不曾与大臣们接触。现在陛下刚开始亲自处理政务,应当把了解下情、清除阻塞作为急务。我每天侍奉在宫中,现在正要去戍守边境,却不能见陛下一次就动身了,何况疏远的小官们想要把自己的意见报告给陛下,那就更困难了。然而我不敢因为不得与陛下答对的缘故,不报效自己的愚忠。古代的圣人将有作为的时候,必然先处在暗处而观察明处,处在静止而观察动态,那么万物的情形,全部摆在面前。陛下的智慧超人,年龄正当盛年,我希望陛下虚心循理,一切不要有所作为,暗自观察各种事物的利与弊,以及大臣们的邪与正。以三年为期限,等得到实际情况,然后顺应事物采取措施。要使有了作为之后,天下没有怨恨,陛下也不后悔。由此看来,陛下有所作为,只担心太早,不担心稍迟,这已是很明显的了。我恐怕急功好利的大臣们,就要劝陛下轻率地有所改变,因此进呈了上述意见,冒昧地企望陛下留神,则是国家宗庙的福运,天下的大幸。”
定州军政败坏松弛,兵士们骄惰不服教诲,军校们蚕食士卒的口粮和赏赐的财物,前任地方官也不敢把他们怎么样。苏轼把贪污的军官发配到远恶的地方,修缮营房,禁止饮酒赌博,这样军中衣服粮食稍稍充足了一些,于是用战法部署约束士兵,士兵都畏服他。然而军校们害怕不安,有卒史拿着赃物控告他的长官,苏轼说:“这件事我自己处理是可以的,听任你告状,会在军队中造成混乱。”立即把他判决流放,于是大家才安定。
适逢春天大检阅,将校官吏们很长时间废除了上下级的名分,苏轼命令全按旧有的规章制度,主帅穿平常的服装到帐中来,将校官吏穿军装供给使令。副总管王光祖自认为是老将,觉得这样做耻辱,假装生病不来。苏轼叫来书吏,让他起草奏章,王光祖惧怕而出来参加阅军,检阅结束,没有一个怠慢的人。定州的人说:“自从韩琦走后,一直到今天没有见过这种检阅礼了。”与契丹和平已久,边兵已不能用。只有边境一带的弓箭社与敌寇相邻,因战射自卫,尚可称精锐。已故宰相庞籍守卫边境时,因当地风俗立法。年代久远法令弛废,又被保甲法所阻挠。苏轼上奏朝廷免除保甲法和两税折变、摊派,没有得到朝廷的答复。
绍圣初年(1094),御史弹劾苏轼执掌内外制命的时候,所起草的制词诰命,是讥讽指斥先朝。于是苏轼以本官知英州,不久降一官,苏轼还没有到达英州,被贬为宁远军节度副使,安置在惠州居住。苏轼在惠州居住了三年,心境淡泊而没有什么怨恨不快,人不论聪明的和愚笨的,都得到他的欢心。又被贬为琼州别驾,在昌化居住。昌化,旧儋耳郡地,不是人所能居住的地方,药物、调补品都没有。开始时苏轼租赁官屋居住,官吏还说不可以,苏轼于是买地建房,儋耳百姓搬砖运土帮助他。苏轼独自和小儿子苏过相处,以著书为乐,常常和当地的父老乡亲交往,好像要在这里终老一生。
徽宗即位当皇帝,苏轼迁移到廉州,改任舒州团练副使,又迁徙到永州。经过三次大赦,苏轼于是提举玉局观,恢复为朝奉郎,元。。年间以来,不曾因为每年的考课要求升官,所以他的官职停止在此。建中靖国元年(1101)苏轼在常州逝世,终年六十六岁。