通过对中央政权最阶层人员的更换和理，整个东汉政府几乎完全受制于董卓：皇帝的废立、朝臣的任免、重大政策的制定，都由董卓说了算。此时，野心极度膨胀的董卓，已经目空一切。

在一次会议上，董卓肆无忌惮地说：“少帝愚昧懦弱，不能敬奉宗庙，没有资格担任天下的君主。为了国家和汉室江山着想，我想效法伊尹放太甲，霍光废昌邑的故事，废掉少帝，改立陈留王刘协为天！”在场官员大多慑于董卓的威，对他独断专行、随心所的行为敢怒不敢言。只有尚书卢植当面提反对意见，认为少帝只是年纪幼小，行为品本就不能与太甲和昌邑王相提并论。董卓大怒，没想到卢植如此不敬，胆敢当众反对自己，便立即命令士兵将他推斩首，幸亏侍中蔡邕极力劝阻，卢植才免于一死。之后，董卓废掉少帝，将他贬为弘农王；另立陈留王刘协，即为汉献帝。

有了大的军事后盾，董卓便有恃无恐，为所为。首先他迫使朝廷免除司空刘弘的职务，自己取而代之。接着，为了一步独揽中央政权，董卓决定召集文武百官商议废除少帝，另立新皇帝。

一人得，犬升天。自己加官爵后，董卓还利用自己手中的特权，大肆加封董氏家族成员。他首先封自己的母亲为池君，越礼备家令和家臣，地位与皇家公主相当。同时，董卓又拜弟弟董为左将军，封雩侯，另外还封自己年幼的孙女为谓君。更有甚者“卓侍妾怀抱中，皆封侯，以金紫。

长期统兵打仗的董卓会到：要想征服百官，控制朝廷，必须先得掌握大的军事后盾。初到洛时，董卓属的兵力不超过千人，为了一开始就给洛造成一烈的军事威慑影响，他每隔四五天就命令所晚上悄悄溜洛，第二天早上再浩浩开洛，战鼓震天，旌旗招展，俨然千军万源源不断。包括朝廷官员在内的所有洛人们，都被董卓如此大的实力所吓倒，不敢有丝毫越轨行为。虽然假象能暂时迷惑人，但终会被人识破。董卓此举当然只能是权宜之计，稍稍调整后，他便开始采取实际行动，以扩充兵力，收揽兵权。大将军何被张让伏杀后，他的曲将领吴匡对何的弟弟何苗（时任车骑将军）怨恨很，认为何苗存心不肯与何合作，而且还怀疑他与张让勾结，共同对付何。吴匡念何平日对自己有恩，发誓要杀死何苗，替何报仇。他发动手下士兵，告诉他们说：“是车骑将军何苗勾结张让杀死了大将军，我们一定要替大将军报仇！”于是，便联合董卓的弟弟董，共同攻杀何苗。何苗死后，董卓坐收渔翁之利，不费一兵一卒收编了何、何苗的队。控制中央政权，掌握洛卫戊军队的兵权极为重要，董卓便署，派心腹大将吕布杀掉执金吾，接收全京城防卫队。从此，董卓不仅控制大量常规队，而且还掌握着洛的直属队，完全备了左右朝政的军事基础。这为他的野心一步膨胀增加了相当分量的筹码。当时，鲍信就对董卓军事势力的膨胀有较清醒的觉察和认识，他曾对袁绍说：“董卓拥有兵，素有野心，如果现在不想办法除掉他，今后必将受其牵制。如今董卓军队人员混杂，军心不稳，组织不严，正可趁早除掉。”可是袁绍因惧怕董卓，优柔寡断，未采取行动。

废立皇帝之后，董卓又对何太后不顺，认为她有碍自己在朝廷上下自由行动和树立威信。于是，董卓又大会群臣，向大臣们数落太后所谓的罪行，说她如何如何迫婆母永乐皇太后（灵帝刘宏的母亲），以致皇太后忧虑而死。这违背婆媳常理、不讲孝顺礼节的教法，应当受到严厉惩。之后，董卓便责令何太后迁居永安，不久，董卓又借故杀死少帝刘辩，毒死何太后。

为了更有效地控制皇帝，董卓不顾朝臣反对，胁迫献帝将都城从洛西迁至长安。董卓还无视礼制和皇威，在自己的封地修筑了与长安城墙规模相当的坞堡，厚达七丈，明目张胆地用“万岁坞”来命名，并规定，任何官员经过他的封地时，都必须下，恭恭敬敬地对他行大礼。

改立献帝之后，董卓将自己升迁为太尉，成为三公之一，掌全**事和前将军事务，后又自封郡侯，拜国相，跃居三公之首，掌宰相权。董卓虽然名为“一人之下，万人之上”的国相，但实际上却远远超越皇帝，享有“赞拜不名、朝不趋、剑履上殿”等特权。

以令诸侯，开始预整个东汉中央政权。