军令司继续保留，它负责平时据参军总署的建议，皇帝陛下的批准对陆海军各行调遣命令，一到战时，它自动协助参军总署，将参军总署的命令顺利地下达到各队，并负责战时动员，下达预备役集结的命令，并据参军总署、军政司的考稽对将级以下军官行升迁和授衔。

都镇抚署是最级别的镇抚署，都镇抚使则是镇抚署的最长官，由第三位副都承旨同签枢密院事兼领，但是镇抚署是个人负责制，也就是案直接由各镇抚使独立负责，就算是官司打到都镇抚署，案也由单独的副都镇抚使受理审判，都镇抚使无权涉，他只负责整个镇抚署的理，对军律修改的建议，以及当镇抚使、副镇抚使空缺时向枢密院和皇帝陛下提推荐人选。

枢密院行了调整，陆军和海军也行了大幅调整，陆军和海军现在只负责军中将士的招募伍、军籍理、退伍退役理、陆海军医院和陆海军医大学理以及与参军总署、军政司共同理军官、士官学院，还有对所有涉及军用武、资生产工厂的理。照新的程，所有的陆海军有关的兵工厂、弹药厂、造船厂等工厂均由陆军和海军理，军辎司只是据参军总署与各队确定的要求数量向这些工厂下订单采购，而陆军和海军主要的责任是照军辎司的要求监督各工厂质量的完成订单，及时货，然后付款，因为军费掌握在陆海军的手里。

此外，在这次调整中刘浩然对典军镇抚署行了一次大调整，典军镇抚署被一分为二。镇抚署成为独立的军事司法机构，专门对武装人员、与军事有关联人员或者涉及军事案件依照大明军律行审判，而典军营则独立来成为监督和执行军法军纪的队伍，改由军政司直接辖。

军训司改为军辎司，它负责平时武装备等军用资的采购、运输、保及分，负责战时的后勤保障和统一指挥。

照刘浩然开始实行的财政预算案，陆海军每年也需要列未来一年整个陆海军日常的费用。包括为队装备枪械火炮、日常营地枪炮维护、日常将士军饷粮草、新舰建造计划、军舰日常维护等等，算一笔总账之后，计将钱款分别划到陆军和海军，而这两再每一季划拨给军辎司，计监督陆军和海军的军费使用，陆海军则监督枢密院的军费使用。自从大明商业银行林立之后，照刘浩然的指示，陆海军为每一位已

刘浩然还一步确定，军政军官一直置到队，录事正式成为军政军官的称呼，而参军只置到团一级。

军情司职责未变，依然保持原来的状态，不过它的主官有一项特权。就是可以向侍从司直接提关系重大的军事情报。

有了军事司法审判机构，还必须有司法检察机构，于是在这次调整中刘浩然又新设立了独立军事检察官，他们直接由都承旨签枢密院事直接任命和理，负责对军中司法和执法的监督，负责担任军方公诉人，也负责对军政司军纪理行监督，与镇抚署组成了完全独立的军中司法系。

同时，刘浩然在调整方案中提将南京陆军军官学院、南京海军军官学院的军政科单独划，成立南京军政学院，直接由军政司理。

军各，指导各队的“政治思想”、“文化宣传”“军事保卫”和“纪律监督”等工作，除了各职能厅之外，此前直接由枢密院、陆军、海军辖的军报-《胜利报》，《大明陆军邸报》，《大明海军邸报》均划给军政司理，此外还有大明陆海军仪仗队，大明陆海军军乐团，以及此次调整提新建的大明陆海军文工团也全划给军政司理。