崇祯帝登基之后，日夜思得良将解辽境之忧。“延臣争请召崇焕”崇祯元年四月，任命袁崇焕为兵尚书兼右副都御史，督师蓟、辽，兼督登、莱、天津军务。七月，袁崇焕应召京。崇祯帝亲自在平台召见他，与他商量平辽方略。崇祯帝：“卿万里赴召，忠勇可嘉，所有平辽方略，可实奏来。”袁崇焕一听今上如此信任自己，锐意平辽，一时血沸腾，便不假思索地答：“所有方略，已疏中。臣今受皇上特达之知，愿假以便宜，五年而建可平，全辽可复奏。”崇祯帝一听五年便可复辽疆，真是喜望外，也慷慨地答：“五年复辽，便是方略，朕不吝封侯之赏，卿其努力以解天下倒悬之苦！卿孙亦受其福”

不久，袁崇焕离京赴任。崇祯帝亲自为其送行，把恢复边疆的宏愿完全寄托在袁崇焕上。袁崇焕知负重命，但仍虑皇上不能信而不疑，便再次恳请皇上“任而勿贰，信而勿疑”还一再说明“军中可惊可疑者殊多，但当论成败之大局，不必摘一言一行之微瑕”崇祯帝皆“优诏答之”

崇祯二年(1629)十月，皇太极率大军避开袁崇焕的防地，从蒙古绕关(参见京畿之战)。由于蓟州一线边防松弛，使得清军轻易攻破，

不久，又传来了袁崇焕擅杀岛守将文龙的消息。文龙原系辽东明军将领，辽东失陷后撤到濒临朝鲜的岛上，他在岛上择壮为兵，多次袭击清军后方，有力地牵制了清军的南下。但文龙恃功跋扈，本不听袁崇焕的指挥，反而虚功冒饷，诬袁崇焕克扣了他的军饷。为了统一边防号令，袁崇焕借督饷赴岛之机诱捕文龙，先斩后奏。崇祯帝接到袁崇焕的奏疏，心中十分恼怒他竟敢不经圣裁擅杀边将。但碍于自己曾亲赐尚方宝剑，又指望袁崇焕早日恢复辽境，所以还是忍怒气“优旨褒答”还“传谕暴文龙罪，以安崇焕心”

“五年复辽”谈何容易？袁崇焕不知，自他离职后的这一年，东北边防已现了大的变化。从明军方面而言，继任的督抚多贪赃冒赎，克扣军饷，多次激起士兵哗变，军心涣散。锦州、大凌等要也相继失守，边防一即溃。而皇太极即位以来，更加注意调整满汉关系，逐渐开始封建化过程，国力大增，八旗兵的作战能力大大提，皇太极也在战斗中总结了对明作战的经验。因此可以说，在东北边境，清军的实力大大胜于明军。在力量对比如此悬殊的情况下，袁崇焕声称“五年复辽”很显然是不切实际的。当时在场的大臣都为袁崇焕的豪言壮语了一把冷汗，给事中许誉卿趁崇祯帝内室小憩之机悄悄问袁崇焕为何此狂语，袁崇焕笑笑说：“聊圣心耳。”许誉卿正：“上莫甚，岂可狼对？异日期责功，奈何？”袁崇焕一听大梦方醒，甚觉失言。待崇祯帝再，立即跪奏：“东建四十年蓄聚，此局原不易结，但皇上留心封疆，宵旰于上，臣何敢言难？此五年之中，须事事应手，首先钱粮。”接着提了在军队调度、兵需供给方面的诸多要求。崇祯帝一一答应。袁崇焕担心自己远离京师遭人妒陷，又奏：“以臣之力，制全辽而有余，调众而不足。一国便成万里，忌功妒能，夫岂无人。即凛凛于皇上法度，不以权掣臣之手，亦能以意见臣之方略。”崇祯帝一听此话甚觉刺耳，但为了边疆大事，也不便发作，沉默了一会儿，对袁崇焕说：“条对方略井井，不必谦逊，朕自有主持。”命赐尚方宝剑，准其先斩后奏。

崇祯帝见袁崇焕到边境未立一战功，请饷之奏却频传，心中颇为不悦。在召集众臣讨论时，崇祯帝没好气地说：“将兵者果能如家人父，自不敢叛，不忍叛。不敢叛者畏其威，不忍叛者怀其德，如何有鼓噪之事？”站在一边的礼右侍郎周延儒听了崇祯帝的弦外之音，趁机挑拨，说什么军事哗变实非缺饷，而是另有隐情。崇祯帝一听，对袁崇焕的十分信任顿时减去三分，虽然勉发去了军饷，但心中却开始怀疑袁崇焕恃边饷以充私。

袁崇焕刚到御辽前线，即遇上了驻宁远的士兵因长期缺饷而哗变。他当即单骑营，惩治了贪的将领以抚军心，又将兵变为首者枭首示众，以严明军纪。为了从本上稳定军心，他连连上奏，要求朝廷发饷济远。

，不仅无封赏，反而诬他“不救锦州为暮气”袁崇焕一怒之下，上疏乞休归乡。