强大实力才是第一位的。为此，林云决定双管齐下。一方面，根据已经取得的抗击八国联军的胜利。宣布义和团即日起改编为义和军，统一受西北大营指挥。另一方面，下令各勤王军队各自回师“以应局势之变而后动也。”对于革命党的暴动，林云采取了摸棱两可的模糊态度。这就使得南方保守势力难以抽出精力来对付自己。从而赢得一段宝贵的发展时期。

改编义和团，当然不是下一纸命令就能够办到的。林云清醒的意识到，要建立一支强大的军队，必须发展一个由军官和军士组成的很有效率的核心，能把一大批新兵和后备军组成一支优秀的战斗力量。等战争爆发时，就能使这些人结合在受过良好训练的职业士兵组成的核心周围。而义和团的复杂背景，显然不适应这样的方式。所以对于义和团的改编，仅仅是名义上的改编，其目的不过是为了保留其精华部分，而让大批的农民去做他们本应该做的事情…种地。

借助于赢得抗击八国联军胜利所取得的巨大声望，林云相信在改编义和团的事情上不会遭遇太大的阻力，而从康殷文给自己来的密信中，林云也加强了对于改编的信心。

由八国联军入侵所引发的动荡形势并不会随着战争的结束而立刻平息，但有一点是肯定的，那就是大规模的冲突已经没有了，这就使得在战争中暴露出来的问题急需解决。这些问题时常冒出来纠缠着林云，让他颇感无奈，必须立刻再组建一个幕僚班子，否则的话，自己将被这些事情淹没的。

很快，以杨度为首的幕僚班子就建立了起来。其效率甚至比林云预想的还要好些。很快，义和团的几支大团被改编为义和军…他们得到的命令是到东北去担任运输后勤的任务。而其他的零散的小团干脆解散了，没了外国人，您也就别闹腾了。

孙文组织的暴动又一次遭到了失败，这个消息对林云来说并不感到意外，相对来说，李鸿章在上海病势的消息，才让他感到非常突然。

闻讯之后，林云即刻请光绪下旨吊，语云：“奉懿旨，略谓历年国家之变，该大学士忠诚坚忍，力任其难，宗社复安，朝廷攸赖。近日因病，然经降旨慰问，该大学士力疾从公，忠靖之忱，老而弥笃。乃骤患咯血，遽尔不起，艰危之交，失此柱石重臣，曷胜怆恸！前已加恩云云。着再赏银五千两治丧，立功省分建立专祠；政功战绩，宣付史馆…”

对于李鸿章，林云其实并不怀有私人感情上的嫌恶，只是对于其“历史局限性”抱着一些同情罢了。他个人并非卖国求荣之徒…以他当时的身份地位，已经无须如此了，他只不过是个想让这个烂的朝廷能残喘求存的老人，对于富国强兵，他又何尝不是在一直努力？虽然他的努力最终以失败而告终，但是也为近代中国的现代化，埋下了种子，也许，这也是他对未来最大的贡献吧。

少了李鸿章，南方督抚们并没有受到任何实力上的损失，对于提拔自己步入军中的张之洞，林云此时的心中也充满了矛盾。

一方面，他深知张之洞对于清王朝的忠心，并由此而对自己产生的敌意。另一方面，他也明白张之洞在某些方面，有着和自己想同的理想。从他的行为中，不难看出，他亦对强大中华报着相当的热情，而他所处的环境与现在的地位，又不能和自己走一条相同的道路。