领重整乡兵队伍，自己急忙城迎接刘肇基。二人相见，寒暄过后，陈明遇极力邀请刘肇基带兵江，甘愿把指挥权让给刘肇基，从此刘肇基是江的最统帅。

到达江之后，陈明遇力排众议，推举阎应元为江统帅。阎应元接权力之后，立刻开始布置城防，首先派人详查城青壮人数，挑选年轻力壮者组成乡兵，得乡兵三万余人。然后分派人手，三万乡兵分班城防守，每个垛固定十个士兵，时换班。由武举人王公略守东门，崇明军营正沙千里守北门，陈明遇守西门，应元自任守南门，其他将领周瑞珑、邵康公各自负责一段城墙。委任训导冯厚敦为总，在许用等诸生的协助下负责全城粮饷军械后勤事宜。

经过刚刚的大败，陈明遇知自己本没有领兵之才，便重新想起智勇双全的前典史阎应元来。于是趁着清军撤去，陈明遇亲自前往阎应元隐居的祝塘，拜会阎应元。对陈明遇的邀请，阎应元慨然答应了下来，聚乡少年六百余人，并带着全家来到了江城。

对于这些人的疑问，沙千里是这样解释的，加崇明军后肯定会和清兵连续大战，伤亡在所难免，若是家人搬到崇明，则不论受伤还是战死，家人都会受到抚恤，会受到崇明官府的供养。

“那可怎么办？若是崇明军不肯竭力助咱们守城，凭借咱们一城之力，无论如何也抵抗不了清兵啊！”陈明遇担忧的说。此时时间已经到了七月，各地举义被镇压的消息陆续传来，据说越国公任思齐也已经带兵从嘉定退回了崇明。苏州嘉定松江，各地的举义纷纷被镇压，也许很快清兵会全力前来攻打江，仅靠刘肇基几千士兵以及这座江城能挡住几十万清兵的攻击吗？

“也许崇明那位越国公本不认为江能够守住！”阎应元如此对陈明遇“或者他本没打算派兵死守江，要不为何刘肇基将军怎么也不肯江城，只留了几百人协助防守。”

刘肇基微微一笑，拒绝了陈明遇的提议，言说要追击逃走刘良佐，并攻略常州。刘肇基并未城，率领属下主力向南追击而去，把残破的沙千里营留下休整。

在阎应元的指挥下，江城一切变得井井有条，军民们爆发极大的抗清情。

沙千里因为损失惨重被留在江休整。这支崇明军和清兵苦战的情形看在所有江百姓的，对于这支英勇的军队江军民都心生敬慕，无数的城少年涌到北门要求加崇明军。

这个理由很牵，很多人心很是犹豫，毕竟崇明是座荒岛，自然不江的繁华。但也有人有于江的战，把家人搬到崇明自然可以免去自己的后顾之忧。

沙千里只肯接纳愿意把家搬到崇明的这法，看在有心人的则又生其他想法。

严格盘查城内人等，查以顾元为首的细作数十人，悉数杀之。

手下死伤惨重自然需要重新扩充，沙千里从报名的少年，，挑选孔武有力者五百余人纳军，一营的千人编制重新完整。对这些新加的少年，沙千里提了一个要求，是必须把家人搬到崇明岛。