赵高、英布为世大患。不但不能禁止人做坏事，正好断绝了人为善的途径。虽忠如鬻拳，信如卞和，智如孙膑，冤如巷伯，才如史迁，达如子政，一遭刀锯，死了也为人耻笑。所以太甲的的思念常道，秦穆公之使秦国霸西戎，南睢之骨立，卫武之《初筵》饮酒悔过，陈汤之矫制发兵，斩郅支单于都赖水上，魏尚之守边，等等，不用再举了。汉朝广开改恶之路，大都是这样。所以聪明有德的君王，深思远虑，弃短取长，政治上的措施是不随便进行改革的。”朝廷认为他的建议很好，终于没有恢复肉刑。这时，荆州牧刘表不向朝廷进贡，做了不少逾越法度不安本分的事情，居然郊祀天地，拟指皇上。诏书把他宣示天下。孔融上疏说“：听说荆州牧刘表凶狠忤逆，行事不守礼制，甚至郊祀天地，拟仪如皇上。虽然逾制越分，罪大恶极，死有余辜。但就国家大体而言，应当暂时不要公开。为什么呢？国家至上，皇上至尊。身是圣哲之躬，国家是神器。群臣如陛，陛级悬远，禄位限绝，这有如天之不可由阶而升，日月的不得而逾越一样。偶有一个小臣，就要处理，并使四方都知道，这不是堵塞邪萌的办法。我以为虽有重大的罪过，也一定要隐忍。贾谊说：‘掷鼠忌器’就是这个意思。所以齐兵伐楚，只责备楚国不朝贡，王师败绩，不说为晋所败。以前揭露袁术的罪过，现在又把刘表的事宣扬开来，这是使瘸腿的母羊窥视高岸，认为天险也可上啊！查刘表跋扈不臣，杀害列侯，阻止诏命不行，断盗贡篚，召集大恶，保卫自己，寓藏天下的叛逆坏蛋，郜鼎纳在太庙，没有比这更彰著的！桑落瓦解，形势自见。

所以我认为应当隐瞒郊祀这件事，以维护国体。”五年(200)，南阳王冯、东海王祗死了。献帝悲伤他俩死得太早了，想为他们规定四时致祭，为此，献帝问孔融。孔融回答说“：皇上仁厚，感时增思，哀悼二王的魂灵发布哀怜的诏章，考查审度从前的典章制度，订正礼制。我看历史，从前梁怀王、临江愍王、齐哀王、临淮怀王都死而无后代，同胞兄弟，就是景帝、武帝、昭帝、明帝四帝，没有听说前朝为他们修祭祀。如果是临时的，就不要列入传纪。我不懂事，认为他们都在幼小的年龄死去，皇上哀痛，以成人礼加以谥号，这应遵照您的意思办理，祭祀结束，以后就不要再行。至于一岁为期，不合礼意，又违背了先帝既定的法制，这是不合适的。”先时，曹操进攻邺城屠杀邺城居民，袁绍家的妇人女子多被掳掠。曹操的儿子曹丕私自娶了袁熙的妻子甄氏。孔融写信给曹操，说：“武王伐纣，把妲己赏赐给周公。”曹操不明白，后来问孔融这出于何经何典。孔融答说“：按现在的事情量一量，想一定的呢。”后来曹操讨伐乌桓，孔融又讥笑他说：“大将军远征，萧条海外，从前肃慎不进贡木苦矢，丁零偷盗苏武的牛羊，可以一并讨伐啊！”当时，饥荒战乱，曹操上表请禁酒，孔融多次写信给曹操，认为不要禁酒，而且词多侮慢。

已经看到曹操奸雄诡诈，渐渐显露，多不能忍受，所以说话偏激，常常触犯了曹操。又曾经上奏认为应当遵照古时京师的体制，千里以内，不封建诸侯。曹操怀疑他所说渐广，更加害怕他。然而，因为孔融名重天下，表面上装着容忍，暗中却嫉忌他的正确的议论，怕阻抗他的大业。山阴郗虑揣摩曹操的心事，按蔑视国法奏免孔融的官。为了显明雠怨，曹操故意挑拨孔融。说：“曾经听说唐、虞时代，有能让的臣子，所以麟凤飞来，颂声大作。后世德薄，但也还有杀身以卫君，破家以为国的。及至衰敝，微小的怨恨，一定成仇，一顿饭的恩惠，一定要报答，所以晁错念国，由于结祸于袁盎，屈平怀念楚国，因椒兰进馋言诬陷他，彭宠谋反，因朱浮的诽谤，邓禹威损，失于宗钦、冯暗的争权。这样说来，喜怒怨爱，祸福之因，难道不应当谨慎吗？从前廉颇、蔺相如小国的臣子，尚且能够相让，寇、贾乱世的武夫，彼此谦让崇好；光武不记杀害哥哥伯升的仇怨，齐侯不疑射钩敌人。那些立大节的人，难道会被一些细故所累吗？以前听说两位执法虽平，但在私情有些芥蒂，应当修好如旧，而你们的怨恨却渐积渐多，直至互相危害，我听了非常难过，半夜就起床了。以前国家东迁，文举盛称鸿豫名实相副，精通经学，出于郑玄，又明晓《司马法》。

鸿豫也称文举奇逸传闻，我很奇怪现在你们与过去相反。我与文举既不是老朋友，又于鸿豫也没有什么恩谊，然而愿人相好，不愿人有伤和睦，所以衷心希望你们协和欢好。又晓得二君是被小人离间，作为人臣，进不能风化海内，退不能建德和人，然而抚养战士，亲身为国，对付浮华交结之徒，我的计谋多着呢。”孔融报书说：“蒙来书赐教，告我所不及。我与鸿豫州里邻郡，很早就知道他。虽然曾经说他的功业美好，不过想使他多看到自己的不足，忠信为国，不意他竟隐过掩恶，有罪不以为罪。以前我遭到废退，欣然接受。从前赵宣子早上升韩厥的官，晚上韩厥就杀了赵宣子的使人，赵宣子终以礼待他，高兴地要别人向他道贺，说“从此我可以免罪了。”何况没有韩厥的功，而敢枉当官之平呢？没有屈原的忠，错的智，窃位就是罪过，免罪是幸，而竟使一些多余的议论，让您得知，这是我引为惭愧恐惧的。朱、彭、寇、贾为世的壮士，爱恶相攻，是为国忧。