时举事。王恭上奏表给司马德宗说:“王国宝犯有滔天大罪,我恭敬地向陛下陈述他的罪状。前任荆州刺史王悦,是王国宝的同胞兄弟。王悦在西藩任上,不幸丧亡。国宝向陛下告假奔丧,却迟迟不愿上路,御史台对此事进行纠察,他害怕获罪黜免,就改换衣服冠帽,伪装成妇人,与婢女同坐一车,到相王司马道子那里求情。再则先帝暴崩之时,朝廷上下莫不惊哭,但国宝若无其事,丝毫不见悲哀之貌,并且潜入宫中,谋求施行奸计,想要诈称圣上遗诏,伪造皇帝玺印。事实昭著在外,上下莫不知晓。先前谗言离间王繤、王珉兄弟,使二者不和胜过仇敌;后又树立私党,遍及朝廷官府。侵吞军队物资储备,据为私人财产;公然卖官鬻爵,威势恣肆于天下。网罗不得志者,招集亡命之徒。辅国将军王绪凶狂狡诈,为人所不齿,二人狼狈为奸,共同窃居要位。彼等自知恶贯满盈,人鬼都为之怨愤,就图谋背叛朝廷,废毁天下。昔日赵鞅兴晋阳之甲,铲除君侧之恶,我虽拙笨愚劣,岂敢忘却这个道理。”王恭的表章送到朝廷,司马道子得知以后就密谋要讨伐王恭,任司马元显为征虏将军,令内外各路军队暗中严加防备。但王国宝惶恐畏惧,不知道怎么行事,就派出数百人守卫竹里,夜晚遇到大风大雨,将士各自奔散而回。王绪劝说王国宝杀死王繤,然后出兵南征北伐,王国宝不听,反而向王繤征求对策。不久王国宝恐惧过度,就向朝廷上表请求免去自己的官职。没过多久他又畏惧而反悔,就诈称司马德宗有诏令其官复原职。司马道子既不能抵抗王恭等人的军队,又想要借此而推卸自己的罪责,就把王国宝逮捕起来交付廷尉处死,又斩王绪于市,以取悦于王恭等人。司徒左长史王广钦因为母亲亡故而在吴郡服丧,王恭就授予他吴国内史之职。王广钦就征集动用吴兴等各郡的兵卒。王国宝被处死之后,王恭要王广钦仍回家服丧。王广钦认为这是一次极好的机遇,可以实现自己的意愿,于是就占据吴郡,派遣自己的子弟率兵攻击王恭。王广钦以女儿为真烈将军,也设置各种文武官员,领兵自卫。王恭派司马刘牢之前往征讨,平定了王广钦。
司马德宗属下谯王司马尚之兄弟又去游说司马道子,认为当前各地藩镇势力强盛,而朝廷宰相权势薄弱,应当暗地里树置朋党,作为保卫自己的屏障。司马道子同意他们的看法,就分派自己的心腹之人,占据许多位置重要的州郡,从此内外骚动不得安宁。王恭深恐发生祸害,再次秘密相约殷仲堪、西中郎将庾楷、广州刺史桓玄按期举兵同会于京都建业。桓玄等人立即响应。王恭向朝廷上表,向各地传檄,以讨伐江州刺史王愉、司马尚之作为起兵的事由。殷仲堪派龙骧将军、南郡相杨亻全期率水师五千人从江陵进发,桓玄向殷仲堪借兵,殷仲堪也借给他五千兵马。于是,司马德宗采取了严密的防卫措施:给司马道子加赐黄钺;派右将军谢琰领兵抵抗王恭等人;任司马元显为征讨都督,率领众军作后续相继进发;令前军王王旬率领中军府的部队驻扎在京都北郊;任司马尚之为豫州刺史,率领其弟司马恢之、司马允之向西讨伐庾楷等人。所有各部都令人举着白虎幡走在前列。王恭派刘牢之为前锋,驻扎在竹里。当初,司马道子图谋除掉王恭,曾许以重赏收买了刘牢之,刘牢之就杀了王恭的别帅颜延和他的弟弟颜强,把两个人的首级送给谢琰。谢琰与刘牢之同时袭击王恭,王恭被打败逃往曲阿,被湖浦军尉拿获,解送到建业。司马尚之与庾楷之子庾鸿在牛渚交战,斩杀了庾鸿的前锋将领殷万,庾鸿只得逃回到历阳。司马尚之还是不敢渡水作战。桓玄、杨亻全期等突然到达横江,司马尚之引兵退走,司马恢之所率领的军队全部覆没。桓玄等人径直到达石头城,殷仲堪所部继而进到芜湖,建业受到威胁,京城震骇。司马道子在倪塘把王恭处斩。桓玄等人无心恋战,于是退兵回到寻阳。
这一年冬天,司马德宗派遣使者来大魏朝贡,并请求派军队前去讨伐姚兴。第二年夏天,司马德宗又派使者前来朝贡。
司马德宗授任司马元显为扬州刺史。司马道子有病,元显生怕自己不能承袭他的职位,就伪造旨意擅自就任,而道子却毫无所知。等到他病愈之后,得知此事大怒,由于司马元显已受任,也就不再改正过来,从此朝廷内外一切政事都由司马元显裁断。司马道子一向嗜酒,治理政务的时间非常少,到这时更是无事可做,就以白昼当作夜晚,只顾饮酒。当时人们都说道子是东尚书,元显是西尚书,西府门第车马繁杂,东边府第则门可罗雀。司马元显年轻气盛,一时间位尊权重,更加骄奢淫暴,于是远近的人都背地里讥讽、指责他。
当初,司马德宗所属新安太守孙泰因以旁门左道惑众而被诛戮,他的侄子孙恩逃窜到东海岛上,许多妖党都追随他,到这时孙恩就纠集妖众,进攻上虞,杀死县令,率其部下一百人左右径直奔向山阴。会稽内史王凝之信奉五斗米道,孙恩将要到来,他没有事先派军队抵抗,而是在道人所居之室跪拜祷告,口里不断念着咒语,向空中指指划划,好像是在嘱托什么事情。王凝之的下属都劝他讨伐孙恩,王凝之却说:“我已经祈请大师发兵,凡是各处渡口要道都各有数万人马。”直到孙恩逼近,他才听从部属意见派兵抵御。及至军队刚刚出动,孙恩率人已经到了跟前。王凝之战败,狼狈逃跑,过了一夜就被孙恩捕获。十天之内,孙恩聚集部众数万人,自号平东将军,强迫当地名士接受伪职。于是,各郡的人被妖术蛊惑,一齐杀死太守县令而响应孙恩,一时间妖众云集。吴国内史桓谦逃走,吴兴太守谢邈被害。