,这是朕诚心未至所导致的。”王肃说:“为臣听说圣人与凡人相同的是身体器官,不同的是神明智慧。过去姑射之神,不食五谷,臣常说那是矫妄之辞。今日见到陛下,才知此话不假。况且陛下停膳以来,如若上天全无应许,臣也可说上天无知,陛下无感。昨天之前,外已下雨,京城也是密云四布,臣即说苍天有知,陛下也有感应了。”高祖派舍人回答说:“昨天内外贵贱都说四郊有雨,朕担心这些人说的都是宽解朕的话,三覆之慎,必须使之信而有征。应当派人查看,假如果然下雨了,便命厨官欣然进膳。怎么能让近郊以内还要天慷慨呢?如果没有此事,就是朕不能感天,安用朕身以劳扰百姓!朕今志确然已定,死而后已。”这天夜里大雨滂沱。
王肃以破萧鸾将裴叔业的功劳,进号为镇南将军,加授都督豫、南兖、东荆、东豫四州诸军,封汝阳县开国子,食邑三百户,持节、中正、刺史官职依旧。王肃频频上表推辞,帝不许,下诏加鼓吹一部。太和二十二年(498),平定汉阳之后,帝下诏王肃说:“大凡知己贵义,君臣务恩,而不能消灾灭祸,恩义何指?卿情同伍员,身怀大恨归附于朕,然而却不能除一仇人,杀彼凶帅,何尝不兴言愤叹,羡吴闾而长叹息。前获萧鸾辅国将军黄瑶起,朕乃知是卿的仇人。朕很快将他交付给卿,希望能稍泄仇恨,使朕当初见卿时的愁云,稍能释怀。”当初,萧赜收捕王肃父亲王奂,司马黄瑶起攻奂杀之,所以帝下诏如是说。
魏高祖讨伐淮北,令王肃讨征义阳,没等克城,萧鸾便派将裴叔业侵犯涡阳。刘藻等救之,被裴叔业打败。王肃上表请求另派军援救涡阳。帝下诏说:“得表,看完后内心黯然,朕观卿意不是专在水,当是因刘锐等精兵新败于前,事往势难的缘故。朕如分兵,派的不多,则会无所制,多派则禁旅难阙。今天的计策,只有当作必克之举,不可为迟疑之师,以免白白失却南兖一州。卿便息意停彼,以图义阳之寇。宜止则止,还取义阳;宜下则下,镇军淮北。卿当深察两种举措,不要导致双重失误。如若孟表粮尽,军队来不及到那里,以致丢失涡阳,是卿你的过失。”王肃于是解除义阳之围,率军奔赴涡阳,裴叔业于是引师退去。王肃因刘藻等战败,黜为平南将军,中正、刺史官职仍旧。
高祖去世,遗诏任王肃为尚书令,与咸阳王元禧等同为宰辅,征召王肃在鲁阳会驾。王肃到后,便与元禧等一同参与谋略。从鲁阳至于京洛,路上丧制之事,朝廷委王肃参与处理,他忧勤密密,谨慎安排,有过旧戚。元禧兄弟都与他亲近而且敬重他,上下称为和睦。只有任城王元澄觉得王肃被启用于边远之地,一旦他位处自己之上,觉得很有缺憾。每每对人说:“朝廷把王肃安排在我上面还可以,而从叔广阳,是宗室尊宿,历职内外,为什么忽然间让王肃位居其右呢?”王肃听说这话,坚决不就职以避嫌隙。不久被元澄奏劾,称王肃谋反,这话不久就被申释化解。帝诏王肃与陈留长公主成亲,本是让他与刘昶的媳妇彭城公主成亲的,帝赐钱二十万、帛三千匹。王肃启奏说:“考课是为检查才能,升职是由政绩显著,提升明达退却。。弱,就在这里。自从百官旷缺考察,到今已经四年,臣请求依照旧式考检群官能否胜任。”皇帝接受了这个意见。
裴叔业以寿春内附朝廷,朝廷拜授王肃为使持节、都督江西诸军事、车骑将军,与骠骑大将军、彭城王元勰率领骑步兵十万人奔赴寿春。萧宝卷的豫州刺史萧懿率众三万人屯驻小岘,交州刺史李叔献屯军合肥,准备图取寿春。萧懿派将胡松、李居士等领兵万余屯驻死虎。王肃挥师打击,大破敌军,擒拿其将桥珉等人,斩首数千。进讨合肥,生擒叔献,萧懿放弃小岘南逃。王肃还归京城,世宗亲临东堂引见慰劳王肃,帝又问:“江左有什么消息?”王肃说:“听说崔慧景已死。萧宝卷所凭仗的,非邪即佞。老天爷殆以此资陛下,平定江南的日期,将会不远。”帝以王肃淮南屡屡获捷,赏赐缣帛四千七百五十匹,进位开府仪同三司、封昌国县开国侯,食邑八百户,其余官职照旧。不久以王肃为散骑常侍、都督淮南诸军事,扬州刺史、持节,余官照旧。