,躲避官军。于是李靖把唐军分成南北二路一起深入敌境,李靖与薛万均、李大亮取北路,派侯君集、李道宗取南路,途中经过破逻真谷,翻越汉哭山,途经二千余里,行军在茫茫沙漠,盛夏降霜,山多积雪,转战经过星宿川,到达柏海,屡次与贼寇交战,都获得大胜。往北远望积石山,看到河源从这里发源,于是回师,与李靖在大非川胜利会师,平定吐谷浑胜利回朝。
贞观十一年(637),君集与长孙无忌等都受到世封,授君集任陈州刺史,改封为陈国公。第二年,拜吏部尚书,晋位光禄大夫。君集出自军队,平素没有学问技艺,到受任用恩遇,才开始读书。主持选择举用贤能,决定考核官吏成绩,出为将领,入宫参与朝政,一并在当时有声誉。
高昌王麴文泰当时阻止断绝西域的商贾,太宗召文泰入朝,文泰却推说有病不到。太宗诏令君集为交河道行军大总管讨伐文泰。文泰听说皇帝的军队将到,对他的国人说:“唐国离这里七千里,沙漠广阔有二千里,地上没有水草,冬季寒风冷冻,夏季热风像火烧,风所吹到的地方,行人大多死去,平常步行一百人不能够到达,大军怎么能到达呢?如果屯兵在我城下,二十天粮食一定会吃光,自然内溃,然后接近而俘虏他们,有什么足以忧虑呢!”等到大军到达沙漠入口,文泰死了,他的儿子智盛承袭了王位。君集率兵到达柳谷,巡逻侦察的骑兵说文泰限定日期将要下葬,全国的人都将集中在那里。众将请求趁机袭击他们,君集说“:不行,天子因为高昌王骄慢无礼,派我奉命执行上天对他的惩罚,现在在坟墟墓地之间袭击他们,不是问罪之师。”于是击鼓前进,攻打田地。敌贼自己环城固守,君集告晓他们,他们不听。这以前,大军出发时,朝廷召募山东擅长造攻城器械的人,把他们都派遣从军。君集于是砍伐树木,填在护城壕中,推撞车撞击城墙上齿状的矮墙,从数丈高的地方坠落在穴中,用抛车发射石头攻打敌军城内,所挡住的地方无不打得粉碎,有的士兵张挂毡被,用作屏障向城内抛石头,城上守卫女墙的敌兵不能再站立下去。于是攻克敌城,俘获男女七千余人,进兵包围敌人的都城。智盛困厄窘迫,送达书信给君集说:“有罪于天子的,是先王。上天施加的惩罚,已身死离去。智盛即位不久,不知先王罪过的由来,希望尚书哀怜。”君集回信答复说“:如果能悔罪,应当自己捆住双手站在军营的门口。”智盛还不出来,因此“君集命令士卒填护城壕,派抛车去攻城。又做十丈高楼,俯视城内,有行人到飞石所射中的地方,都高声地告诉他,人们大多入室避石。当初,文泰与西突厥欲谷设约定,有军队打来,共同内外呼应。等到听说君集的军队到了,欲谷设畏惧而向西逃一千余里,智盛失援,无计可施,于是开门出来投降。君集分兵夺取地盘,于是平定高昌国,俘获智盛及其将领、官吏,在石上刻记功勋胜利回朝。
君集起初攻克高昌,不曾奏报请示朝廷,就发配没收无罪的人,又私自收取宝物。军中将士知道这个情况,也争着盗窃,君集恐怕暴露了这件事,不敢制止。到了京师,有司请朝廷追究君集的罪过,朝廷诏令君集下狱。中书侍郎岑文本认为功臣大将不能轻易施加屈辱,上疏说:
“君集等处在辅佐朝廷的地位,有的职位也是亲信助手,一起蒙受朝廷的提拔,担当将帅的重任,不能正身奉法来报答陛下的恩泽,行为恣情放肆,罪大恶极,确实应当按刑法制度量刑,以此严肃朝廷的伦理道德。但高昌糊涂迷惑,人与神共同抛弃,在朝廷中商量国政的,认为高昌地在远荒,都想把高昌置之度外。只有陛下运用独有的远见和智慧,亲授决胜的策略,君集等奉行圣上的策谋,才能够按期平定消灭高昌逆贼。如果论事实,都是陛下的功绩,君集等有长途跋涉之劳,不足以称赞他们的功勋。然而陛下天赋的德行不主宰,却把功绩推给将帅。不封的文书刚到,就降大恩,从征的人,都受到滋润洗荡。到他们凯旋时,特此蒙受私宴,又对万国,加以重赏。内外文武,都欢欣陛下赏赐及时。而没有经过十天半月,又都交给掌刑法的官吏,虽然是君集等自己触犯法律,而在朝的人却不知道他们所犯的罪,恐怕国内又疑心陛下只记录他们的罪过,好像遗漏他们的功绩。臣因为低才,错误地参与得到受宠爱的职位,既然有自己的见解,不敢默不开口。