,下诏要求朝臣直言朝政得失。朱熹陈上密封的奏章说“:皇上虽没有过失,但为帝王的学问却不可以不熟讲。朝政虽没有缺误,但修明朝政、抵御外敌的大计却不可不早日决定。利害忧乐虽不可能全面列举,但事关国家的根本问题却不可以不加留意。陛下在培养自己品德的初期,亲自批阅文献奏疏,不过是诵读诗文章句,吟咏情性,又特别留意道家、佛教的书籍。记诵诗文的词藻,并不能够探讨事物发展的渊源而制定出治国之道;道家的虚无和佛家的寂灭,并不能够贯穿万物的始终而建立适当的大中之道。帝王的学问,必须先穷究事物的本原而获得知识,以便透彻地认识事物的变化,使世间万物的道理,都能存在于心中,对事物的纤细微末之处全都看得透彻,就会自然意念真诚,心地端正,而可以治理好天下的事情。”其次说:“修明朝政,抵御外敌的方针之所以不能及时制定,是被讲和的论调给耽误了。金人是宋朝不共戴天的仇敌,不可能和好是很明显的了。我希望根据公道、正义果断地做出决定,封闭关隘,断绝和约。任用贤明能干的人才,确立国家法度,纯洁士风民俗。几年以后,国家富足,军队强大,根据我国力量的强弱,观察金人内部裂痕的深浅,慢慢起兵设法打败他们。”再接着说:“全国的利害,在于百姓的快乐与忧虑,百姓的安危忧乐,在于地方官员是否贤明。监司机构是监督地方官员的主要机关,而朝廷是委任监司机构官员的根本之地。要想让百姓安居乐业,各得其所,根源也在于朝廷了。现在的监司机构及其官员,狼狈为奸,贪赃枉法,大肆地掳掠、害民的官员,主要就是宰相、台谏的亲戚、故旧、门生、朋友。他们中失去了权势的人,曾经按他们所得的私利情况而罢逐了他们;还在当权的那些人,难道没有谋私利的吗?敬请陛下亲自去了解。”
隆兴元年(1163),又被朝廷召见。入朝奏对治策,其中第一点说:“大学的道理在于穷究事物的本原而获得知识。陛下虽然有生而知之的天性,优秀于普通人的行为,但没有能够按照事物的发展变化来观察治世的道理,按照这个道理以适应国事的治理。这是因为在采取治国措施的过程中还有疑问而犹豫不决,而听从臣僚的意见时又不免有欺骗隐瞒的地方,所以治国平天下的效果不是很明显。”第二点说“:君主父皇的仇耻与金人不共戴天。现在所应该做的,就是不同金人作战就不能复仇,不坚守边关就不能取得胜利。”所以暂且陈上古代先圣贤哲帝王们怎样发奋图强,巩固根本,威慑、制服边远之地的夷敌们的强国之道。当时宰相汤思退刚刚倡导同金讲和,任命朱熹担任武学博士,等待上任。乾道元年(1165),催促他上任就职,到了任上而适逢洪适担任宰相,又主张同金讲和,因观点不相同,朱熹回乡了。
三年(1167),陈俊卿、刘珙推荐他为枢密院编修官,等待上任。五年(1169),因妻子去世回故里服丧。六年(1170),工部侍郎胡铨把他作为诗人推荐于朝廷,他与王庭王圭同时被召见,他以没有服完丧事为由请求辞职。七年(1171),服丧已完,又被召请,他以俸禄不能养家而推辞。九年(1173),梁克家担任宰相,申述从前的召命,又被推辞。梁克家上奏朱熹多次召他任官而不就职,应该得到褒奖鼓励,大臣执政都称赞这个建议。皇上说:“朱熹安于贫穷,遵守廉道,廉洁、谦退,应该嘉奖。”因此,特地改命他担任官职,主管台州崇道观。朱熹因为要求退出官场而相反得以升迁,从道义方面考虑更觉得心中不安,再次推辞。淳熙元年(1174),才开始接受任命。二年(1175),皇上打算奖掖廉洁、谦退的人,以纯洁士风民俗,龚茂良担任丞相的事务,推荐奖励朱熹,任命他担任秘书郎,朱熹坚决推辞,并且亲自写信给龚茂良,说明一时被厚爱的原因。许多小人乘机会讲谗言诽谤他,于是因为朱熹又推辞,即答应了他的请求,主管武夷山冲佑观。
五年(1178),史浩再次担任宰相,任命他担任南康知军,皇上下诏令他上任就职,朱熹又推辞,没有被答应、允准。到南康军,兴行利政,革除害事,恰逢那年不下雨,精心勤于荒年政事,许多人得以活命。到救荒事结束,上奏章请求按照法律条文奖赏交纳粟米的人。有时到郡县学校,招引进士学子与他们讲习学问,议论道理。走访白鹿洞书院遗址,上奏恢复原来的样子,制订《学规》使他们遵守它。第二年夏天,天气大旱,下诏令监司、郡守分别阐明老百姓的快乐与痛苦,朱熹于是上奏疏说:
“治理天下的要事没有什么大于抚恤百姓,而抚恤百姓的根本,在于皇上端正心术用以立定规章纪律、朝纲。大概天下的规章纪律、朝纲不能自身形成,一定要皇上的心术公平正大,没有受私情左右而偏颇反复、犹豫不定,然后依赖于此而建立。皇上的心术不能自发地纯正地确立,一定要亲近贤臣,疏远小人,讲论明白仁义、道理的归宿,关闭阻塞自私的邪路,这样才能使皇上的心术纯正地确立。
“现在宰相、台谏省官、师傅、宾客朋友、谏诤之臣都失职不负责任,而陛下与他们亲近、商量谋划的人,不过一、二个宠幸的大臣。对上以蛊惑陛下的心思与志向,导致陛下不相信先王圣贤的大道理,而以追求功利的卑下浅见为快乐;不喜欢志士的宏大言论,而安逸于私利、鄙陋的丑态。对下则招收聚集天下士大夫中好利而没有廉耻的人,文人武士各以道分,都各自加入他们的门槛。所喜欢的人暗中引见接纳,升迁为显官要职。所不喜欢的人则私自进行诽谤非议,或是公然进行排挤。他们互相勾结、贿赂,所盗窃的都是陛下的财产。他们任命官吏配置将领,所盗窃的都是陛下的权柄。陛下所属的宰相、师傅、宾客朋友、谏臣,或是反而出入于他们的门下,承受仰望于他们的示意主张;其中幸有能够自立的人,也不过是拘谨自守,而不敢讲一句斥责他们的话;其中十分敬畏公论的人,也仅能略加警告或驱逐他们的一、二个党徒,既不能对他们有深重地打击,而且最终也不敢以正直的言行直捣他们的藏身之所和巢穴所在。他们势力已成,淫威已立,朝廷内外无不倒向他们,使陛下的号令、官员的罢黜升陟不再出自朝廷,而出自一、二个人的私门,名义上是陛下独自决定,而实际上是这么一、二个人私自暗中执掌权柄。”
又说:“巨大的灾祸,一定会来临的忧患,近在早晚,然而惟独陛下还不知道。”孝宗读了朱熹的奏章,悖然大怒说:“这是以为我宋朝将要灭亡了。”朱熹以生病为由,请求一个宫观职务,没有得到答复。