,对皇上指出国家大事有四方面,其一是:“吴氏四世掌管蜀军,对国家不利,请从今慢慢限制他的权力。”赵汝愚被提为直学士、制置四川使兼成都府知府。诸羌族相继挑起边患,赵汝愚到四川后,全部施计瓦解了他们的势力。孝宗说他文武双全,召他回朝。光宗受禅即位,派人去四川召赵汝愚回朝,赵汝愚没回,殿中侍御史范处义说赵汝愚拖延命令,朝廷让赵汝愚任潭州知州,赵汝愚不接受,朝廷又任他为太平州知州。赵汝愚进升为敷文阁学士,福州知州。
绍熙二年(1191),赵汝愚被召为吏部尚书。当初,高宗让宫女黄氏侍奉光宗于东宫,等到光宗即位黄氏为贵妃时,皇后李氏内心愤愤不平。这年冬十一月郊祀,有关部门已经警告将有暴风雨来临,光宗很震惧,等到在青城斋宿时,贵妃突然去世,光宗回宫后,听说此事十分生气,当天晚上疾病发作。内侍跑去报告孝宗,孝宗慌忙赶到南内,询问光宗致病的原因,不免对光宗有所警告、责怪。等光宗病稍稍好些时,赵汝愚进宫回答皇上提问。光宗常常五天一次到重华宫拜见孝宗,到这时孝宗往往传旨让光宗免去,到会庆节光宗生日时,光宗不上朝,冬至大臣们进宫朝贺他也不出来,国都的人都很担心。赵汝愚前去反复规劝,光宗于是醒悟。赵汝愚又叮嘱嗣秀王伯圭护理、调和,于是孝宗与光宗的感情得以沟通。光宗及李后都到孝宗住所北内去,与孝宗一起愉快地度过了一天。
绍熙四年(1193),赵汝愚主持贡举,与监察御史汪义端有违忤之言。赵汝愚拜为同知枢密院事,汪义端说祖宗时法律规定,宗室不能为执政,他还诋毁赵汝愚植党营私沽名钓誉,汪义端呈上奏书,皇上不接受。汪义端又指责台谏、给舍暗中附和赵汝愚,对赵汝愚的一切言行缄默不语,皇上对此不予答复。汪义端又说赵汝愚发的策问讥讽祖宗,皇上还是不予回复。赵汝愚竭力辞职,皇上于是把汪义端调任军器监。给事中黄裳说“:赵汝愚事奉双亲孝顺,事奉君主忠心,居官廉洁,忧国爱民,出于天性。汪义端真正是忌贤,不可以不罢黜。”皇上于是罢黜汪义端,让他到地方任职,赵汝愚不得已只好接受任命。不久,赵汝愚被升为知枢密院事,他辞去不受,皇上下旨要他去接受诰命。赵汝愚回答说“:我不敢久久地推辞。我曾论述朝廷的几件事,所提的意见未见采纳,今天陛下探访孝宗,留正恢复相职。这是天下的大幸。只是武兴军未确定统帅,我心中不安。”皇上于是派张诏代任武兴军统帅,赵汝愚于是接受任命。
光宗的病源于对孝宗心存疑惧,他不肯去拜见孝宗,赵汝愚多次从容劝谏,光宗出寝宫听到赵汝愚的劝说就醒悟,一入寝宫又疑心了。绍熙五年(1194)春,孝宗生病,夏五月,孝宗的病一天天加重。光宗到后殿去,丞相率同僚进来,请求光宗到重华宫侍奉孝宗,侍从、台谏相继进入后殿,。。门吏根据过去的惯例加以阻止,他们都不肯退出。光宗更加疑心,起身入寝宫。过了二天,宰相又请求面奏,光宗令知。。门事韩。。胄传旨说:“宰相执政一起出去。”于是赵汝愚、留正二人一起到浙江亭待罪。孝宗听说后很担心,嗣秀王派丞相传达孝宗的旨意,令宰执又进宫。韩。。胄奏言说“:昨天陛下传旨让宰执出宫门,今天应下令把他们赶出国都。”并请求自己前去押送他们,赵汝愚等人于是回到家中。
六月初八,晚上五更,重华宫的大宦官叩响宰执赵汝愚的家门,报告孝宗驾崩的消息,中书报告皇上,赵汝愚担心皇上疑心病发作,又不肯出来视朝,就扣住奏札不呈上。第二天,皇上视朝,赵汝愚把提举重华宫关礼状进献上,皇上于是答应到北内探望孝宗,但一直到太阳下山光宗仍不出宫,宰相率领百官到重华宫发丧。十三日,将制成服,留正与赵汝愚商议,通过少傅吴琚请宪圣太后垂帘暂且主丧事,宪圣太后不答应。留正等人一起奏道:“我们连日到南内请求面奏,未得到皇上批准。屡次上疏,也得不到回音。今天当率领百官恭请皇上,如果皇上不出宫,百官一起在宫门大哭,恐怕会引起人心骚动,有害于国家。恳求太皇太后降旨,说明由于皇上有病,暂且让他就在宫中服丧。然而丧事不可以无人主持,祝文称‘孝子嗣皇帝’,宰臣不敢代行。太皇太后,是寿皇孝宗的母亲,请主持行祭礼。”在这时留正、赵汝愚请求太后垂帘主丧,是想把国家大权交给嘉王,想在帘前奏陈国家大策,使命令出自帘帏之间,所行之事居于庙堂之上,那么一切名正言顺,可以没有后顾之忧。而吴琚一向胆小、谨慎,并以自己是后戚不想参与国家大计,这个计划最终中止。