以此阻止陛下所做的改革。现在正是陛下和流俗的秤锤较量轻重的时候,流俗增加铢两的重量,虽然极其微小,但是天下这一秤锤,已归属于流俗了,这就是天下议论纷纷的缘故。”神宗认为是这样。于是王安石重新任职治事,韩琦的意见没有得到采纳。
王安石与司马光一直相交甚厚,司马光根据朋友之间互相督促行善的道理,三次写信给王安石反复劝说,王安石很不高兴。神宗欲起用司马光任枢密副使,司马光还没有任职时,而王安石执政,于是这项任命就中止执行了。虽然吕公著是王安石推荐的,也因为请求罢除新法而被派出任颍州知州。御史刘述、刘琦、钱岂页、孙昌龄、王子韶、程颢、张戬、陈襄、陈荐、谢景温、杨绘、刘挚,谏官范纯仁、李常、孙觉、胡宗愈都因为与王安石意见不合,相继离开朝廷。王安石很快提升秀州推官李定任御史,知制诰宋敏求、李大临、苏颂封还任命诏令,御史林旦、薛昌朝、范育弹劾李定违背孝道,都被罢免并逐出朝廷。翰林学士范镇三次上疏议论青苗法,被罢免职务而退休。吕惠卿因父亲去世离开朝廷,王安石不知道把吕惠卿离开后的空缺委任给什么人时,得到了曾布,很信任他,信任的程度仅次于吕惠卿。
熙宁三年(1070)十二月,王安石任同中书门下平章事。第二年春天,京东路、河北路发生暴风的异常现象,百姓十分恐慌。神宗批示中书省,令省事安静以应付天变,放还这两路应募的农夫,责罚不如实反映汇报情况的监司、郡守。王安石扣住而不下达这道诏令。
开封百姓为逃避保甲,有切掉自己手指、砍断自己手腕的人,知府韩维报告朝廷,神宗问王安石,王安石回答说“:这些事我固然还没有知道,即使有这种情况,也不足为怪。今天士大夫对于新政,尚且吵吵嚷嚷感到惊异;何况二十万户百姓,必然会有由于愚蠢而受到别人蛊惑煽动的人,怎能因为这种人而不敢有所作为?”神宗说“:听取百姓的各种意见就能取得成功,百姓的意见也不能不畏惧。”
东明县百姓有人拦住宰相的马头控诉助役钱,王安石对神宗说:“知县贾蕃是范仲淹的女婿,喜好附和流俗,导致百姓做了这种事。”又说“:治理百姓应当知道他们的真假利弊,不可以向他们表示无原则的姑息宽容。如果放纵他们使之妄经中书省、御史台等中枢机构,击鼓拦驾,凭借人多以图侥幸,这不是治理国家的办法。”王安石强词夺理,违背常理,都像这样。
皇帝起用韩维为御史中丞,王安石怀恨韩维以往的言论,指责韩维善于附和流俗以此否定神宗所建立的新法,这次任用因韩维的辞谢而结束。欧阳修请求退休,冯京要求朝廷挽留他,王安石说“:欧阳修依附韩琦,推崇韩琦是关系国家安危的大臣。这样的人,在一郡就败坏一郡,在朝廷就败坏朝廷,留下他有什么用呢?”于是神宗同意欧阳修退休。富弼因为阻挠施行青苗法被解除了宰相职务,王安石说这不足以阻止奸邪小人,甚至把富弼比作为共工、鲧。灵台郎尤瑛说天气阴了很长时间,星辰失去了正常运行,应该黜退王安石,朝廷立即把尤瑛刺面发配到英州。唐穅本是因王安石的推荐而担任了谏官,只因他借请求奏对的机会极力论说了王安石的罪过,结果被贬谪而死。文彦博说市易法是与百姓争利,致使华山崩塌。王安石说:“华山的变化,仅是天意为小人而发作的。市易法的起用,是由于平民长久穷困,用它来抑制兼并,对官府有什么利益呢?”压下了文彦博的奏章,把他派出去任魏地留守。吕公著、韩维,是王安石凭借他们树立自己声誉的人;欧阳修、文彦博,是推荐王安石的人;富弼、韩琦,是曾追随王安石的人;司马光、范镇,是与自己友情甚厚的人,王安石都不遗余力地加以排斥。
礼官讨论确立太庙中太祖神主牌位东向的位置,王安石独自决定把僖祖的神主牌位奉入祧庙,参加讨论的官员联合起来与王安石争论,没能改变他的决定。上元节的傍晚,王安石跟随圣驾骑马进入宣德门,守门卫士大声呵叱阻止,并鞭打王安石骑的马匹。王安石发怒,上章要求逮捕惩办这些卫士。御史蔡确说“:宫廷中值宿的卫士,保卫皇帝而已,宰相不在他应该下马的地方下马,卫士理所应当加以呵叱制止。”皇帝终于还是杖打卫士,斥责内侍,王安石还是愤愤不平。王韶开拓熙河成功向朝廷报告功绩,神宗因为这是王安石的建议,解下自己身佩的玉带赐给王安石。