出钱雇佣男丁拉船,但当地人害怕这种劳役,因此每年上供的军粮,不超过三百万。杨允恭将三路舟兵和运送的物资全部集中起来,让各州选择官吏,并全部集中起来,杨允恭才按照人员多少分发物资。江、浙运送的东西,到达淮泗,再由淮、泗运送到京师,需花费一年的时间,上供的物资达六百万担。
淳化五年(994),杨允恭转任西京作坊使,起初,产茶的地方,老百姓运输赋税全部计算价值,然后由官府出售,不分精粗,全部运送榷务。商人不肯出售,时间一长就将这些茶叶烧掉了。杨允恭说“:竭尽老百姓的利益而夺取,聚集茶叶让它腐烂最后抛弃它,不是一种好办法。”至道(995~997)初年,刘式上奏建议请求废除长江一带的榷务,允许商人过长江,让他们自由卖私货。杨允恭认为长江沿岸各州茶叶新旧相杂,两河各州风土,各有适用之处,不夹杂很多等级,就会使商人少利。请求按照旧例在长江以北设置榷务,平均各等级,按每年给予供给。此事下至三司,盐铁使陈恕等人认为杨允恭的建议正确,于是朝廷下诏遵从。就任命杨允恭为发运使,开始改“擘画”为“制置”,西京作坊副使李廷遂、著作佐郎王子舆一起任发运使。
巢、庐江二县以往隶属庐州,道路僻远盗贼出没,老百姓输役劳命。杨允恭请求在二县建军,诏令许可,以无为军的数目为准。淮南十八州军,其中九州军为禁盐地,这样盐的价格比产盐之地要高出许多,老百姓从贩盐中获利,因而贩盐的人越来越多,以致有的拿着兵器往来为盗。杨允恭认为应当统一执法,于是上奏请求全部禁盐,由朝廷派遣官吏主持此事。此事下至三司,三司认为此事不行,杨允恭再三上奏此事,太宗才开始依从他。这年,得到了巨万之利。杨允恭与王子舆、秦羲共同主管盐茶之事,制定了许多条令法规,于是加以改变成为新法。
真宗即位,改任西京左藏库使。又上言川峡铁钱的弊病,说:“凡是老百姓的田税,从前交纳铜钱一份的,现在也交纳铁钱一份;官吏士卒的俸禄以往给一份铜钱的,现在给五份铁钱;用于交易旅行,那么铁钱十份,相当于铜钱一份。老百姓的田税,以一抵十,国家损失九成,官吏士卒的俸禄,以五抵一,国家又损失四成;吏卒得到五份用掉十份,还是损失一半。臣下在先朝,曾经陈述过此事,希望变法来革除其弊端,太宗正在考虑这件事,恰逢盗贼李顺叛乱骚扰而没有施行。如今陛下继承先祖的大业,可以立即制定法令,以便老百姓不失去其所得。况且饶、信的铜,积聚了数千万两,如果派人运到荆州、蜀州,蜀州向来有很多铜,让夔州、益州、遂州各设置监官进行冶炼,每年平均供给,不用十年,就全部使用铜钱了。”上奏的建议虽然没有采纳,但从此以后吏卒的俸禄,开始改用十份铁钱换一份铜钱。
不久知通利军,兼任黄、御河发运使。恰遇议论减少西部边境的驻兵,来减少转运之饷,诏令杨允恭与崇仪副使窦神宝、。。门祗候李允则前往经办,用图标出郡县山川的形势。杨允恭于是建议说“:从环州到积石、灵武要七天的时间,军粮运输,有三种办法。但用人用驴来运,运输十分麻烦而且费用花费也很大,但运送的数量很少。不如用诸葛亮的木牛之制,用小车派士兵分站运送。第一车派四人牵引,派兵进行保护,将武器装在粮车上,盗贼来后则将粮车集中,集中士卒的力量,将盗贼防御在外。”这一提议立即被议者所阻止。又派遣他任职,再次奏议,江、淮盐铁使陈恕据理力争,诏令依从杨允恭的奏议,兼任康州刺史。
咸平(998~1003)初年,由于北部边境卖马没有固定的价格,朝廷命杨允恭主持平定价格,于是设置估马司,铸造官印作为常制。王均叛乱,真宗担心南方聚集叛贼,命杨允恭为荆湖、江、浙都巡检使,内殿崇班杨守遵辅佐他,赏赐十分丰厚。第二年夏天,由于疾病告朝,朝廷派遣他的儿子杨可乘车前去服侍。七月,在升州过世,终年五十六岁。赐予他第二个儿子杨告同学究出身,资助丧钱二十万、绢百匹。又以钱五万、帛五十匹供给其家。命扬州官造第一区赐予杨允恭。